| 都道府県名 | 長崎県 | 年度 | 2006年 | 
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| 事業者名 事業所名[業種] | 年度 | エネ起 | 非エネ | 非エ廃 | CH4 | N2O | HFC | PFC | SF6 | 合計 増減率 | 
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| 大村セラテック株式会社 大村セラテック株式会社 [その他の耐火物製造業] | 2006年 | 6439 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6439 - | 
| 国立大学法人長崎大学 文教町2団地 [大学] | 2006年 | 6195 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6195 - | 
| 株式会社ニッチツ 機械本部松浦工場 [他に分類されない生産用機械・同部分品製造業] | 2006年 | 5859 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5859 - | 
| 中興化成工業株式会社 松浦工場 [他に分類されないその他の製造業] | 2006年 | 5691 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5691 - | 
| ジェイエイ北九州くみあい飼料株式会社 長崎工場 [配合飼料製造業] | 2006年 | 5650 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5650 - | 
| JR九州ハウステンボスホテル株式会社 ハウステンボスジェイアール全日空ホテル [旅館・ホテル] | 2006年 | 5080 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5080 - | 
| メルコアドバンストデバイス株式会社 メルコアドバンストデバイス株式会社 [光電変換素子製造業] | 2006年 | 4963 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4963 - | 
| 九州電力株式会社 豊玉発電所 [発電所] | 2006年 | 4780 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4780 - | 
| 三菱長崎機工株式会社 本社工場 [他に分類されないその他の製造業] | 2006年 | 4410 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4410 - | 
| 株式会社九州たまがわ リネンサプライ工場 [リネンサプライ業] | 2006年 | 4382 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4382 - | 
※エネ起はエネルギー起源CO 2、非エネは非エネルギー起源CO 2、非エ廃は非エネルギー廃棄物原燃の略